La obra levantada inicialmente fue de reducidas dimensiones y frágil. La autorizó el Dr. Puelles, Provisor y Vicario general del Obispado en tiempos del obispo D. Juan de Zúñiga (a. 1599-1602) pero a los pocos años ya "se avia[sic] arruinado y caido por estar fundada en madera".
Concejo y vecinos deseaban reedificar la ermita, esta vez más amplia y sólida, para poder celebrar los oficios religiosos.
El Licenciado D. Dionisio de Esquivel, Visitador General del Obispado, estando vacante la sede episcopal concede el 6 de abril de 1637 la licencia correspondiente mediante el siguiente decreto en el que expone:
"...damos licencia al dicho Concexo y vecinos para que puedan reedificar la iglesia hermita[sic] y, estandolo decentemente, para poder colocar en ella el dicho santo y celebrar; se envie testimonio dello al Tribunal eclesiastico de la ciudad de Murcia para que visto se provea justicia y se de licencia para celebrar en ella."
La obra de esta segunda ermita se llevó adelante con mucho esfuerzo. Requería mayor presupuesto por lo que, al no ser suficientes la ayuda de los cofrades y vecinos, se solicitó la ayuda del concejo, lo que refleja la extensión del culto preexistente en el municipio a San Roque, contribuyendéndose incluso con fondos propios:
"Mandaron que para ayuda a su obra se den de propios del Concejo trescientos reales a los mayordomos".
