El puerto de Cartagena, uno de los mejores puertos naturales de todo el Mediterráneo, alabado por Cervantes en unos conocidos versos, conoce en las dos primeras décadas del siglo XVII su apogeo comercial, fruto de la favorable coyuntura económica. Más de 200 barcos del Mediterráneo y –cada vez más- del Atlántico, arriban a él cada año (400 en 1605-1606). Además continúa el movimiento militar con la visita de las escuadras de galeras y otras armadas, así como la actividad, mitad militar y mitad económica, de los corsarios locales.
Todo este tráfico y la importancia adquirida en los últimos años, obliga en 1610 a reconstruir y ampliar el muelle principal, que se decora con una estatua romana de Neptuno. De paso se levantarán unas nuevas y monumentales puertas del Muelle en la muralla.
Las baterías del muelle, de Cautor y de Gomera defendían la fachada marítima de la ciudad y sus muelles de posibles ataques y pretendían disuadir a los corsarios forasteros de actuar en el interior del puerto, aunque no siempre lo consiguieron.
Otra amenaza muy presente es la posible llegada de enfermedades contagiosas a bordo de embarcaciones infectadas, por lo que las autoridades cartageneras y regionales tomaban medidas drásticas ante cualquier sospecha. Existía además el riesgo de que este tipo de enfermedades se difundiera entre la gente que se amontonaba en la ciudad para su embarque, como ocurrió en 1613 con la declaración de una epidemia entre los moriscos que estaban siendo expulsados.
El embarque de los moriscos
El puerto de Cartagena fue el lugar de salida de los moriscos que se mantuvo más activo a lo largo de los casi cinco años que duró el proceso de expulsión. El responsable de la ejecución de la expulsión, don Luis Fajardo, y Felipe de Porres, proveedor de armadas y fronteras destinado en la ciudad, se encargaron de organizar y supervisar los fletes.
En total salieron por Cartagena unos 25.000 moriscos, la mayoría de la Corona de Castilla (Andalucía, la Mancha, Extremadura y Murcia sobre todo). Los mudéjares (como se conocía a los moriscos originarios de Murcia) que fueron embarcados parece que no pasaron finalmente de 2.500.
El trasiego de gente y navíos movió importantes sumas de dinero, una parte del cual quedó en manos de los mercaderes locales que participaron en la operación. La contratación de los barcos, por ejemplo, dejó casi 100.000 ducados.
La gran mayoría de los buques que se usaron para los 113 contratos de flete documentados, fueron extranjeros (85%); sobre todo de Francia, Italia, Flandes e Inglaterra. Los españoles llegaron de Valencia, Cataluña, Mallorca y Andalucía, con alguna participación local. Además de los navíos procedentes del Atlántico y algunos puertos mediterráneos y las saetías típicas de este mar, se usaron para el transporte otros tipos de embarcaciones como tartanas, galeones y, desde luego, también participaron las escuadras de galeras del rey.
En un primer momento los moriscos se dirigieron al Norte de África (Orán, Tetuán o Mostaganem), pero pronto se desvió el flujo de los expulsados a puertos franceses e Italianos.
