El Real Murcia CF fichó a Pedro León en el año 2004, con 17 años, procedente del Nueva Vanguardia. En el equipo de Alcantarilla, el futbolista de Mula debutó en la Preferente murciana. Pedro León comenzó la temporada 2004/05 en el Juvenil A del R. Murcia. Su proyección llevó al muleño a jugar, primero, en el División de Honor y, después, en el Real Murcia B de 3ª División. En el filial grana, marcó cuatro goles en 18 partidos.
Pedro León debutó en Liga con el primer equipo del Real Murcia, en 2ª División A, el 15 de enero de 2005 ante la UE Lleida en los Campos d’sports de Lérida. El centrocampista salió en sustitución de Pulido en el minuto 77, siendo entrenador el argentino Mario Armando Husillos. En su primera temporada como profesional, Pedro León disputó siete partidos (en 154 minutos) y marcó un gol en el derbi contra el Ciudad de Murcia en La Condomina, que concluyó con victoria grana por 3-1. El Real Murcia acabó el campeonato en duodécima posición, con 54 puntos, certificando de esta forma la permanencia en 2ª División, en la temporada de su regreso a la categoría de plata tras su paso fugaz por la 1ª División en la campaña 2003-04.
En la temporada 2005-06, Pedro León se consolidó en la primera plantilla y consiguió la titularidad en el Real Murcia. El mediocampista se ganó la confianza de los técnicos Juan Martínez Casuco, Gabriel Correa y Sergio Kresic con su calidad técnica. El de Mula jugó 30 encuentros de Liga (en 1631 minutos) y anotó dos goles. En la temporada de su confirmación, el Real Murcia quedó décimosexto con 52 puntos. De esta forma, el equipo pimentonero logró la salvación en 2ª División A.
La temporada 2006-07 significó la explosión de Pedro León como futbolista. El interior diestro contribuyó decisivamente al ascenso del Real Murcia a 1ª División con siete goles en 31 partidos de Liga. Pedro León firmó auténticos golazos de falta directa frente al CD Castellón, Sporting de Gijón y Numancia de Soria y con obuses desde fuera del área, como contra el Hércules de Alicante en el estadio Rico Pérez. El Real Murcia ascendió a Primera en tercera posición, con 76 puntos. Las desavenencias entre el entrenador, Lucas Alcaraz, y Pedro León motivaron su marcha a la UD Levante en el verano de 2007.
