La Reconquista
Tras la Reconquista, las propiedades excepcionales del agua termal hicieron que los baños siguieran proliferando, continuando la tradición precedente. Alfonso X contribuyó a la pervivencia de los baños islámicos, traspasando y cediendo la utilización de estos lugares, como sucedió con los baños situados, probablemente, en el interior del antiguo alcázar de Cartagena, donados por el Rey al obispo de Cartagena. En el caso de Fortuna, las excavaciones arqueológicas muestran un largo período, que se extiende desde los siglos XIV hasta el XVII, durante el cual los Baños de Fortuna están en franca regresión.
Tras la conquista castellana del reino de Murcia, la comarca de Fortuna formaba parte de unos territorios entregados por Alfonso X al rey de Murcia a cambio de su ayuda en la guerra. Durante el siglo XIII Fortuna, la Torre Vieja y los Baños continuaron en manos islámicas hasta que a finales de esta centuria fueron vendidas a un noble aragonés (que luego castellanizaría su apellido), pasando de este modo a ser un señorío cristiano.
Primeras menciones documentales
A finales del siglo XIV el Concejo de Murcia adquirió Fortuna y sus baños, apareciendo mencionados estos por primera vez, en 1404 en un documento: "et por quanto la dicha Fortuna está yerma et malparada tienpo ha, en tal manera que la dicha çibdat non ha rentas nin prouechos algunos della, por esta razon el dicho conçeio, caualleros, escuderos, offiçiales et omes buenos ordenaron et mandaron a Remir Sanchez de Madrit, su jurado clauario, que ponga en almoneda publica a correr por assenssamiento la dicha heredat et termino de la dicha Fortuna con todos sus terminos, pastos et derechos, et bannos et agua dellos, a la dicha Fortuna pertenecientes".
Este documento parece demostrar la pervivencia de la utilización de los baños, aunque sin la importancia que tuvo durante la Edad Media islámica o en época romana; los cristianos continuaron acudiendo a los baños, a pesar del abandono que los rodeaba, ya que no se realizaron nuevas obras ni siquiera cuidaron de su mantenimiento, como confirman las excavaciones arqueológicas. En un documento posterior se menciona a aquellos que acudían a tomar las aguas en los baños, velando para que lo hicieran libremente sin tener que pagar tributo a la ciudad ("otrosí, con condiçion que todos los vezinos et moradores de la dicha çibdat et de qualesquier logares de la comarca que fueren o quisieren yr a los bannos de la dicha Fortuna a se bannar, que lo puedan fazer francamente et quita et libre que non paguen derecho nin tributo alguno a la dicha çibdat nin al dicho Lope Garçia nin a otro alguno que assensare la dicha heredat de Fortuna").
Fortuna fue objeto de litigios entre Murcia y Abanilla, cuyos habitantes, concretamente la población morisca, deseaban la propiedad de los Baños por su doble utilidad: por sus cualidades medicinales y para su utilización para el riego. Así, en 1505 tenemos información de uno de los múltiples pleitos que se sucedieron. En esta ocasión era el conflicto entre agricultores moriscos, que desviaban las aguas hacia Abanilla y la Señora cristiana que necesitaba el agua para mover un molino de cubo que existía en Fortuna (el actual Molinico). Estos conflictos entre agricultores e industriales se enmascaraban en acusaciones de índole religiosa, que tenían como trasfondo el uso ritual que los moriscos pudieran hacer de los baños.