La situación de relativa normalidad que Baltasar Hidalgo de Cisneros vivía en su Cartagena natal, pese a la guerra, se vio interrumpida por su nombramiento como virrey del Río de la Plata. Este hecho llevó al virrey cartagenero a un lugar y un tiempo cruciales en la historia: el momento de la independencia de América, y a uno de los lugares donde comenzó.
La reacción del pueblo de Cartagena ante la salida de su Capitán General fue de protesta y hubo numerosas y ardientes peticiones a la Junta Central para que Cisneros se quedara en la ciudad. Mientras se hacían estas gestiones, que no obtuvieron ningún resultado, Baltasar comenzó a preparar el viaje: el buque, los colaboradores, las informaciones y las órdenes. El primer punto de escala de su larga travesía fue Cádiz, donde conoció los informes de la Junta Central y sus órdenes al respecto.
También se entrevistó con los comerciantes gaditanos que tenían relaciones comerciales con Buenos Aires, y con los apoderados de los líderes de los dos partidos enfrentados en la capital del Plata. Fue su primer encuentro con los dos grupos en que estaba escindida la sociedad de Buenos Aires, uno de ellos capitaneado por el comerciante español Martín de Álzaga, y el otro por el cesado virrey Santiago Liniers, oficial de la marina española pero francés de nacimiento. Ambos grupos luchaban por el poder aprovechando el vacío de poder en España por la cautividad del rey Fernando VII y la invasión francesa. Sin embargo, en los papeles que le había dado la Junta se reflejaba una situación bien distinta: el grupo de Álzaga acusaba al de Liniers de independentista, de querer entregar el virreinato a Napoleón, y por ese motivo había sido destituido.
Consciente de que la situación no era tan sencilla como decían los papeles de la Junta, Baltasar no fue directamente a Buenos Aires, sino la Colonia del Sacramento, y llamó a los mandatarios bonaerenses. La Colonia fue el lugar donde Baltasar pudo escuchar a todas las partes, y aceptó los nuevos datos que se le ofrecían, conociendo por fin la situación real de la capital del virreinato. Con la nueva información pudo negociar con todos y conseguir un consenso: Cisneros cedía a peticiones de unos y otros y a cambio los jefes de los grupos que luchaban en Buenos Aires firmaban una tregua.
Con estas premisas, Baltasar fue recibido en Buenos Aires como virrey, y obedecido por todos los sectores sociales. Las primeras reacciones permitían hacerse ilusiones. Y el virrey se las hizo, pero no era un iluso: aun ilusionado, se mantenía alerta y dejaba salidas abiertas ante un posible retroceso de la situación: buscó un modo de tener tropas propias, ya que las que había no eran profesionales, sino grupos de civiles armados por Alzaga, Liniers y otros líderes, que lógicamente obedecían a sus jefes, y no al Capitán General. Buscó también la mejora de la economía concediendo permiso de libre comercio a Gran Bretaña e intentando sanear la Hacienda, e intentó establecer relaciones sociales con todos los grupos posibles de la tormentosa sociedad bonaerense de principios del siglo XIX.
Pero todos los esfuerzos fueron inútiles. Los dos principales líderes, el español Álzaga, y el criollo Saavedra, que heredó el liderato del grupo del ex virrey Liniers, querían el apoyo total de Baltasar Hidalgo de Cisneros a su grupo, y la desaparición de los demás. Las tensiones llegaron a tal punto que el 25 de mayo de 1810 Buenos Aires se vio sumida en un conato de guerra civil, aunque disfrazada de lucha contra los afrancesados, y Baltasar tuvo que aceptar por segunda vez en su vida la presidencia de una Junta nacida de una rebelión popular instigada por unos líderes que buscaban el poder. Sólo que, a diferencia de la del 25 de mayo de 1808 en Cartagena, esta vez el gobernante depuesto y el presidente de la nueva Junta eran la misma persona: Baltasar Hidalgo de Cisneros. En esta Junta está el germen de la nación argentina y por este motivo, algunos historiadores califican al marino cartagenero como el primer Presidente de Argentina.
Sin embargo, los líderes deseosos de alcanzar el poder no estaban conformes: Cisneros, enviado por el gobierno español, seguía siendo el gobernante. Una segunda rebelión le obligó a dimitir como Presidente y se nombró en su lugar al jefe del grupo que, finalmente, había ganado: a Saavedra. Baltasar fue sacado de su casa por la noche y embarcado, junto con otros funcionarios españoles, en un buque inglés que los llevó a Canarias. Su esposa, Inés y sus hijos, quedaron en Buenos Aires hasta que pudieron vender los bienes que tenían y reunirse con él en las Islas, desde donde debían conseguir volver a una España en guerra y rehacer sus vidas prácticamente desde cero.