El Hospital de Caridad de Cartagena, fundado por el soldado Francisco García Roldán para atención de los pobres, era institución muy querida en la ciudad y en la Marina, y también formó parte importante de la vida de la familia Hidalgo de Cisneros. El 15 de abril de 1790, Baltasar comenzó a pertenecer a la hermandad de este Hospital, pero ya desde antes colaboraba para su mantenimiento. Hay un documento en el archivo familiar de su biznieta, Doña Purificación Hidalgo de Cisneros Virto, en el que puede leerse cómo el comité dicho Hospital acuerda dar las gracias ¿al Señor D. Francisco Hidalgo Cisneros Brigadier de Marina, que sobre su diaria asistencia como fervoroso servita hace (ya esté presente o ya ausente) continuas limosnas; á la Sra. Dña. Manuela de la Torre, su mujer, en todo compañera, y al Señor D. Baltasar su hijo, Teniente de Navío, que imitando á tales Padres, tiene desde el principio de la Guerra en que está mandando, cedido cuanto le tocare por partes de preso; y ha entregado ya por una sola vez 3.000 reales¿.
Las personas muy ligadas a la institución podían ser enterradas en la iglesia de la Caridad, y allí, en la pequeña capilla llamada de las Ánimas, a los pies de una talla de la Virgen de la escuela de Salzillo, fue enterrado D. Francisco Hidalgo de Cisneros, en 1794. Andando el tiempo se retiraron los enterramientos y se colocó un panel en el que se recuerda a las personas que habían sido enterradas allí, como puede verse en la fotografía.
¿Qué suponía ser miembro del Hospital de Caridad? Las obligaciones de un miembro de la Hermandad del Santo y Real Hospital de Caridad eran: asistir a las horas de las comidas de los enfermos y ayudar al Hermano mayor en el gobierno. Cuando se moría un hermano, debían oír una misa, rezar una tercera parte del Rosario y una estación de la bula. Y cuando moría un enfermo del Hospital recitaban siete padrenuestros en recuerdo de cada dolor de la Virgen. Como explica en su libro Ferrandiz Araujo (ver bibliografía), ¿el objeto principal de la Congregación, contenido en su capítulo primero, es ¿amar a Dios sobre todas las cosas, con todo el corazón, entendimiento y voluntad por amor del prójimo¿. Fruto de esto es la abnegación de los hermanos en la cura y consuelo de los pobres y desvalidos enfermos sin distinción de sexo o nacionalidad, cuidando de su esmerada curación, asistencia y limpieza¿ (páginas 43-44). Además, como el mantenimiento del Hospital corría a cargo de la caridad del pueblo, la Junta de Gobierno de Hospital cada día encargaba a un hermano que saliera a pedir con una capacha.
La Junta de gobierno estaba formada por 30 hermanos, 20 vocales, y un Hermano Mayor, y se reunía los segundos domingos de cada mes. Anualmente se elegían los cargos de Hermano Mayor, dos diputados, un contador, un tesorero, dos cobradores y un camarero.
Baltasar fue Hermano Mayor en dos ocasiones. La primera, en 1801, del 19 de abril al 23 de noviembre, y la segunda durante su periodo de reposo por las heridas recibidas en Trafalgar: fue elegido el día 15 de abril de 1806, y reelegido dos veces más, hasta 1809.
Este segundo periodo como Hermano Mayor no fue fácil. En 1804 había habido una epidemia de fiebre amarilla que duró cuatro meses, en la que murieron casi 12.000 personas, entre ellas casi todos los sacerdotes y frailes y médicos, cirujanos y enfermeros del Hospital de Caridad. El excesivo gasto que supuso esta epidemia afectó mucho a la economía del Hospital, y esta situación se unió a una crisis general, a causa de la cual las limosnas empezaron a ser escasas y se perdieron otras fuentes de financiación. La situación llegó a su peor momento al comenzar la guerra de la Independencia en 1808.
Baltasar se dedicó en cuerpo y alma a sacar recursos para el Hospital. Las reuniones de la Junta del Hospital se dedican casi exclusivamente a la necesidad de obtener ingresos: se pide ayuda en todas las instancias posibles, incluso al rey, se rifan enseres sobrantes, y cuando no hay más remedio, los miembros de la Junta ponen su dinero personal. La gestión de Cisneros debió ser muy positiva, ya que el 24 de abril de 1807, en las elecciones anuales, Baltasar fue reelegido por rotunda mayoría de 103 votos (los otros dos hermanos que se presentaban recibieron 15 y 18 votos).
El 26 de febrero de 1809, Cisneros informó a la Junta de que había sido nombrado virrey del Río de la Plata, y entregó el cargo de Hermano Mayor, según el reglamento del Hospital, el hermano más antiguo, en este caso el vicario castrense, José Alcaraz Rosique.