Conocer el ambiente familiar de una persona explica muchas veces más cosas acerca de su vida y su mentalidad que el lugar y el ambiente sociopolítico en que ha vivido. Y en el caso de Baltasar Hidalgo de Cisneros más aún si cabe: todo lo que hizo, muchas de las decisiones en el campo profesional y económico, tenían como finalidad continuar la mejora de la familia, como había aprendido de sus padres. Continuamente, en los momentos difíciles y en los de victoria, Cisneros hacía referencia a su familia. La familia era uno de sus primeros valores.
Los padres de Baltasar fueron Francisco Hidalgo de Cisneros y María Manuela de la Torre. Francisco provenía de una familia castellana de militares de Caballería, y había nacido en Elorrio, en Guipúzcoa. Rompió la tradición familiar y marchó a Cádiz para entrar en la Marina, en la cual inició una carrera militar que le llevó hasta uno de los grados más altos en el escalafón, el de teniente general. La Marina era entonces un cuerpo militar en expansión, y que daba muchas oportunidades para las personas con ideales y afán de ascender. Francisco no tenía riquezas, pero tenía una mentalidad emprendedora y pragmática, que transmitió a sus hijos. Al terminar su formación en la escuela de Guardiamarinas de Cádiz fue trasladado al Arsenal de Cartagena, en esa ciudad se radicó y se integró con mucha facilidad en su sociedad, una sociedad en la que los grupos sociales no estaban cerrados, los cargos públicos eran accesibles, las tierras de los alrededores eran fáciles de comprar.
Francisco se casó con Manuela de La Torre, que había nacido en Ceuta pero desde niña vivía en Cartagena, y juntos construyeron una familia fuerte y próspera: en el momento de su matrimonio ninguno de ellos pudo aportar bienes, pero en el momento de su muerte dejaron a sus hijos varias casas, propiedades en el campo, y gran cantidad de bienes muebles. Se casaron en la parroquia de Cartagena el 3 de agosto de 1744; al año siguiente nació su primera hija, Josefa; en 1747 nació la segunda, María de los Dolores y once años después vino al mundo Baltasar.
Baltasar creció entre libros de náutica y relativos a la armada, instrumentos náuticos, cuadros religiosos ¿eran profundamente religiosos- y profanos, láminas con planos de puertos, retratos de familia, del rey de España y, curiosamente, del de Inglaterra: Francisco era anglófilo, y sin embargo, padre e hijo pasaron gran parte de su vida luchando en la Marina española, aliados de Francia, contra Inglaterra. Era una familia, además, en la que las mujeres contaban mucho en las decisiones relacionadas con la economía familiar y la gestión de bienes, algo poco usual en su época. En esto influiría el hecho de que los marinos pasan mucho tiempo embarcados; pero mientras otros, en circunstancias similares, dejaban a sus mujeres la gestión de los bienes siendo supervisadas por apoderados, los Cisneros dejaron a las esposas plena autonomía.
Sin embargo, la estabilidad económica de la familia que logró Francisco Hidalgo de Cisneros, se cruzó en la vida de Baltasar con los problemas producidos por la inestable situación política. Su marcha a Buenos Aires no hubiera supuesto grandes problemas, (pues dejó apoderados que administraran sus propiedades en colaboración con su familia,) si la Guerra de la Independencia no hubiera interrumpido las comunicaciones y la normal actividad de los ciudadanos. Tras el regreso y la nueva estabilización en Cádiz, el alzamiento de Riego vino a ser como otro pequeño trauma personal que deshizo los planes de una familia que no quiso mezclarse en política. Por este motivo, al final de su vida, Baltasar cambió en relación a la tradición familiar y apoyó activamente a Fernando VII, buscando la estabilidad política de la que se derivara su estabilidad laboral y la estabilidad económica de la familia.
El 23 de diciembre de 1788 Baltasar se casó con Inés de Gastambide, nacida en Cartagena, hija de un navarro y una cartagenera, y tuvieron cinco hijos. La primera hija del matrimonio de Baltasar e Inés lleva el nombre de la devoción más arraigada en la casa: María de los Dolores, la patrona del Hospital de Caridad, pero murió siendo niña. Los demás hijos fueron varones: José María, Baltasar y Esteban fueron marinos, y Francisco, el pequeño, regresó a la tradición familiar de sus bisabuelos, y entró en el Regimiento de Caballería del Príncipe.