Baltasar nació el 5 de enero de 1758, a las nueve de la noche, en la casa de los Hidalgo de Cisneros de la calle de la Caridad, y fue bautizado dos días después en la parroquia de Santa María de Gracia. Durante su infancia vivió el ambiente optimista de una Cartagena en pleno crecimiento, y se educó en una familia de ideas liberales.
El 3 de marzo de 1770, Baltasar entró en la Academia de Guardiamarinas de Cádiz (la de Cartagena se creó 6 años después), que fue, después de su familia, la principal influencia en su formación. Cádiz y la Marina vivían también una época de crecimiento y desarrollo. El Ejército era un bastión del progreso científico y del liberalismo político e ideológico. El plan de estudios incluía Aritmética, Geometría, Construcción y uso de instrumentos, Trigonometría, Cosmografía, y a la vez clases de danza, esgrima y conversaciones científicas.
Dos años después, Baltasar hizo su primer viaje a América, a Lima, en la fragata Industria, mandada por su padre. Seguro que Baltasar, que entonces tenía catorce años, nunca sospechó las circunstancias en las que volvería al continente poco después de cumplir los cincuenta y uno. Porque muchas cosas habían cambiado en ese medio siglo de vida.
Hasta 1777, Baltasar vivió en Cartagena, y tomó parte en numerosas misiones por el Mediterráneo. Fue trasladado a Cádiz y después a Ferrol, donde se distinguió en la lucha contra los corsarios ingleses por todo el Cantábrico. En 1783 regresó a Cartagena, participando en diversas misiones. Se casó en 1788 con Inés de Gastambide, ascendió en su carrera militar y recibió honores por sus servicios. Siendo ya Brigadier, durante los años 1796 a 1800 sirvió de nuevo en Cádiz, y en 1797 participó en el combate del cabo San Vicente, en el que contribuyó a rescatar de manos del enemigo el navío Santísima Trinidad.
Hasta 1805 su vida se desarrolló entre Cartagena, El Ferrol y Cádiz. En 1802 ascendió a Jefe de Escuadra y en 1803 fue nombrado comandante general del Arsenal de Cartagena. Pero llegó el punto de inflexión, tanto para su vida como para la historia de la Marina española: el 21 de octubre de 1805 participó en la batalla de Trafalgar mandando el navío Santísima Trinidad. En esta batalla cayó herido y quedó sordo de un oído. Estuvo prisionero en Gibraltar y posteriormente regresó a Cartagena, donde permaneció tres años ocupándose en sacar adelante el Hospital de Caridad.
El 25 de mayo de 1808 se produjo en Cartagena la rebelión contra los franceses y los ¿afrancesados¿, entre los cuales se tenía al entonces Capitán General, Francisco de Borja, marqués de los Camachos. A raíz de la rebelión, Borja fue asesinado e Hidalgo de Cisneros fue elegido Capitán General y Presidente de la Junta que se formó para resistir al gobierno partidario de Napoleón.
Mientras en España se desarrollaba la guerra contra los franceses, en América comenzaban los movimientos independentistas. En el Río de la Plata se produjo una serie de hechos por los que el gobierno español, ejercido entonces por la Junta Central, cesó al virrey Santiago Liniers, y para sustituirle nombró a Antonio de Escaño, también marino cartagenero. Pero Escaño, que estaba trabajando en la Junta Central, renunció alegando que su labor en la misma era imprescindible, y en su lugar se nombró virrey del Río de la Plata a Baltasar Hidalgo de Cisneros, el 11 de febrero de 1809.
Pocos días después, Baltasar, con su familia, salió de Cartagena hacia Cádiz para recibir órdenes de la Junta, y se encontró con noticias contradictorias sobre la situación en Buenos Aires. Una vez allí, pudo comprobar que la situación era más difícil de lo que parecía. Cisneros permaneció diez meses en la capital del Plata, luchando con los pocos medios de que disponía para mantener el virreinato fiel a España, pero poco pudo hacer. El 25 de mayo de 1810 se inició el proceso de separación de España de lo que más adelante sería Argentina, y Cisneros fue destituido y embarcado para las Islas Canarias, donde meses después lograría reunirse con su mujer y sus hijos, y viajar hasta Cádiz. Allí fue nombrado Capitán General del Departamento en 1813, y cinco años después fue nombrado Ministro de Marina.
Pero todos los planes se truncaron de nuevo con el pronunciamiento de Riego en 1820, que reinstauró la Constitución de 1812 y dio comienzo al llamado ¿trienio constitucional¿, hasta la restauración del absolutismo por Fernando VII. Baltasar fue cesado en todos sus cargos y, desengañado y desesperanzado (¡qué tiempos tan distintos a los de su juventud!), volvió a Cartagena, donde permaneció inactivo profesionalmente hasta que Fernando VII le nombró de nuevo Capitán General de Cartagena, cargo que ocupó hasta su muerte, el 9 de junio de 1829.