El protocolo es la regla ceremonial diplomática o palatina establecida por decreto o por costumbre. La organización del protocolo es flexible, porque no todas las figuras institucionales están reguladas por decreto. La bandera de la Comunidad Autónoma de la Región de Murcia sigue el protocolo establecido en la Ley de la Bandera Nacional 39/1981, de 28 de octubre. Si la bandera regional aparece con la nacional, la de España "ocupará lugar preeminente y de máximo honor y las restantes no podrán tener mayor tamaño".

El lugar preeminente de la bandera de España varía si el número de banderas es par o impar, según el artículo sexto de la Ley 39/1981, de 28 de octubre. En el primer caso, la bandera nacional se situaría a la izquierda del observador y la bandera regional, por ejemplo, se colocaría a la derecha del observador. En el segundo caso, la bandera nacional iría en la posición central y la bandera regional iría a la izquierda del observador por ser la siguiente en la escala de relevancia. La tercera bandera se ubicaría a la derecha del observador. Las dimensiones de las banderas varían según se expongan en el interior o en el exterior de un edificio público.

En el ámbito autonómico, la bandera de la Región de Murcia debe ir acompañada de la española. Si dos banderas son de comunidades autónomas, prevalecería la bandera de la región que actúa de anfitriona mediante su colocación a la izquierda del observador. En el ámbito municipal, la bandera del municipio debe ir acompañada de la española y la regional. En el ámbito local, las pedanías carecen de bandera propia y en sus organismos oficiales debe aparecer la bandera del Ayuntamiento al que pertenecen. El protocolo de la bandera de la Unión Europea (UE) es libre porque carece de regulación. Su utilización es voluntaria, salvo en los organismos dependientes directamente de la Unión Europea. Su disposición entre otras banderas también resulta variable y depende de la interpretación de los encargados del protocolo en los actos oficiales.

La autoridad competente, es decir, el Estado a nivel nacional, la Comunidad Autónoma a nivel regional y el Ayuntamiento a nivel local establecerán cuándo una bandera debe ondear a media asta y su duración. Esta medida deberá aprobarse en el Consejo de Ministros del Gobierno de la nación, en el Consejo de Gobierno de la Comunidad Autónoma o en el Pleno del Ayuntamiento. La bandera a media asta simboliza un hecho luctuoso. La duración del luto es variable y no está regulada por ley.

El escudo de la Región de Murcia representa a la Comunidad Autónoma en los documentos oficiales y la cartelería. El protocolo del escudo regional está regulado en el Decreto Regional 34/1983, de 8 de junio, y en el Decreto Regional 27/1989, de 2 de marzo. Desde 2008, la Comunidad Autónoma utiliza un nuevo símbolo, el logotipo de la Región de Murcia para la Administración regional. José María Nuño de la Rosa es el diseñador del logotipo, que ofrece una imagen simplificada y modernizada del escudo de la Región de Murcia.