Sin discriminar actuaciones anteriores, las primeras obras de envergadura en la ensenada cartagenera no se inician hasta 1581, año en el que se acuerda en cabildo pedir al rey una galera vieja fondeada en el puerto para construir con ella un nuevo muelle. Se trataría de una primera etapa constructiva que se cierra hacia 1615, con el ornato de las puertas del muelle principal, último retoque en la ampliación de este embarcadero. Es muy posible que tras estos trabajos de acondicionamiento se dotase a la ciudad de una suficiente infraestructura portuaria con la que hacer frente al papel comercial y militar que se le suponía, además de poder competir en igualdad de condiciones con los puertos rivales de Alicante y Málaga en la ruta Flandes-Marsella-Génova.

   Situación

   El nuevo espigón ganado al mar fue el construido entre 1585 y 1586 en la zona que llamaban plaza de San Leandro, al oeste de la ciudad. Las primeras diligencias oficiales no comenzaron hasta el 19 de diciembre de 1581, fecha en la que se acordaba pedir al rey una galera vieja para emplearla en la construcción del nuevo muelle. No sabemos si el fin perseguido era aprovechar su madera o utilizarla como pie flotante que se uniría a tierra por una pasarela con algunos apoyos intermedios. La zona elegida, frente al convento de San Leandro -de ahí su nombre-, debía ser la misma en la que los pescadores desembarcaban sus capturas en un pequeño varadero de madera, del que la documentación da cuenta hacia 1572: "los dichos señores cometieron al señor Diego de Espín, regidor, que haga hazer el muelle de la Pescadería desta çibdad que está desbaratado, el qual se haga de manera que por él se pueda entrar a visitar y ver las barcas que traen pescado a la dicha pescadería, para que se vea si dan la mitad del pescado que traen, como son obligados....". Es por ello que creemos que posiblemente se tratase del mismo muelle, que sería ampliado y acondicionado para el atraque de embarcaciones pequeñas (barcas, laudes, bergantines) y de medio porte (saetías, tartanas, pequeños navíos, etc.), muy características del Mediterráneo occidental.

   Las obras debieron iniciarse a comienzos de 1585, pues en un acta capitular de 19 de noviembre de ese mismo año se refleja la disposición de solicitar al rey una subvención de 6.000 ducados para llevar a buen recaudo las obras que se estaban realizando en el nuevo espigón, al tiempo que se pedía autorización para poder costear entre los vecinos los otros 6.000 ducados necesarios para la financiación de la obra. Se le libraron asimismo 300 ducados a Pedro Casanova, regidor encargado de las obras, lo que demuestra evidentemente que la construcción ya estaba en marcha. La realización del nuevo muelle fue tasada definitivamente en 12.500 ducados, cantidad en la que fue rematada la obra. En el cabildo celebrado el 16 de septiembre de 1586 se dio cuenta de este hecho, lo que provocó un airado debate entre los que opinaban excesivo el precio del remate (licenciado Monreal), los que proponían no se gastase más (Pedro Casanova) y los que sugerían de donde se podía pagar.

   Resultado

   No parece que la obra realizada fuese de mucha envergadura o, quizás peor, que no se llegase a acabar o desapareciese con un temporal, pues tan sólo diez años después, en una sesión capitular de 6 julio de 1596 de nuevo se volvía sobre el tema: "Los dichos señores dijeron que por no aver en esta cibdad otro muelle para poderse enbarcar y desenbarcar por el puerto della, sino el que esta en la plaça y acudir a enbarcarse y desenbarcarse por él muchas mercadurías y especialmente las lanas que son de mucha ocupación y embaraço, y los carros y chirriones en que se llevan y traen las dichas mercadurías, muelen la tierra de la plaça, de manera que por poco que llueva se hazen en ella grandes lodaçares, y por ser el dicho muelle pequeño no se suelen enbarcar en él quando acuden muchas gentes a embarcar y desembarcar, por lo qual y prinzypalmente que de la plaça desta çibdad se quite el [embarque] de las lanas. Acordaron que sobre la puerta del señor San Leandro, que cae a la marina, se haga otro muelle [se amplie, suponemos] a la orilla y ribera del agua, de manera que con el se alcançe a donde esté el agua hondable, porque lleguen las barcas a cargar y descargar, y el dicho muelle se haga de piedras y jácenas de la suerte que está el de la plaça". En el mismo cabildo se proponía como solución para costear parte de los gastos derivados de su construcción que los mercaderes y demás personas que embarcaban y desembarcaban mercancías en él participaran con algún dinero, al igual que las naves que atracasen en el puerto. Se acordaba, asimismo, escribir al Rey para que donase a la ciudad 30 jácenas depositadas en la fábrica de pólvora y que se estaban pudriendo por falta de uso.

   Hasta aquí llega nuestra información, pues el lamentable estado de conservación de nuestra principal fuente (las hojas de los libros capitulares están carbonizadas por el uso de malas tintas) nos impide avanzar más sobre el tema.  Suponemos que esta vez si llegó a terminarse la obra, pues el muelle de San Leandro acabó consolidándose con el tiempo como alternativa secundaria del muelle principal o de la plaza, tal y como señala una noticia de 1630 en la que el Concejo obligaba a los comerciantes a que en adelante "las mercadurías que trajesen a la ciudad y sacaren por el puerto, no las puedan desembarcar ni embarcar sino por el muelle principal de piedra, que su puerta sale a la dicha plaza de Santa Catalina, excepto por el muelle de palo, que su puerta da a la plaza de San Leandro, se puedan embarcar y desembarcar todo género de lanas, barrillas, pescado, bacalao (saladura y fresco), hierro, acero, madera, aceite y vino". Quiere esto decir que, evidentemente, este muelle estaba operativo hacia 1630 y el hecho de que se le consigne el trasiego de mercancías voluminosas y pesadas, como los fardos de lana, barrilla, hierro, acero, madera, etc., confirma que, aunque 'de palo', debía ser ciertamente resistente. Otras noticias posteriores nos confirman que este simple muelle de madera logró sobrevivir al duro siglo XVII y, cuando menos, cumplió una función auxiliar del muelle principal, tanto para el transporte en barcas desde los navíos fondeados a tierra o viceversa, como para punto de desembarco de las muchas toneladas de pescado capturado en nuestros mares. Finalmente acabó sucumbiendo en las primeras décadas del siglo XVIII con motivo de las obras del nuevo Arsenal de Marina que acaparó enormes espacios frente al mar. 

   La remodelación del muelle principal

   Por otro lado, desde 1601 a 1611 se va a realizar una nueva y grandiosa obra de cantería en el antiguo muelle principal. Hemos venido comentando la gran cantidad de actuaciones que se llevaron a cabo sobre él a lo largo del XVI, pero casi siempre se trataron de simples reparaciones puntuales, sin otras miras que el mantenimiento más o menos adecentado de este viejo espigón. En verdad, existía voluntad por parte de los munícipes en mejorar de una vez la infraestructura portuaria de la ciudad, por eso, tan sólo cinco años después de acometer la última reforma en el de San Leandro, se consideró la conveniencia de ampliar el antiguo muelle de la plaza o principal, pues su mal estado de conservación, debido al continuo tránsito de carros y bestias, suponía un serio obstáculo para el tráfico de mercancías. En el cabildo de 21 de julio de 1601 se daba cuenta, además de estos inconvenientes, de lo pequeño que se había quedado para un tráfico mercantil en continua expansión, por lo que se decide, aprovechando la estancia en la ciudad del genovés maese Bartolomé Cacholo, maestro de hacer muelles, emprender las obras de ampliación y mejora de este espigón ''porque no se pueden revolver en él las mercaderías que se desembarcan''.

   Es posible que la seria competencia de los puertos de Alicante y Málaga -no así de Valencia-, que habían acometido importantes mejoras en sus muelles desde finales del siglo XVI, pudo influir en la decisión última de llevar a cabo una obra de envergadura para no dejar a la ciudad en inferioridad de condiciones con respecto a sus competidoras. Pero lo cierto es que, con las típicas dudas y demoras (no debió de gustar o ser demasiado caro ''el modelo y traça que avia pintado para la reparasion y prolongasion del muelle prinzipal'' el maestro genovés Bartolomé Cacholo), la obra fue adjudicada definitivamente en 1607 en otro maestro, Pedro Milanés, por 5.400 ducados (Cacholo había presentado un proyecto de 7.000 ducados), financiados en gran parte por los genoveses avecindados en la ciudad.

   El trabajo de cantería del remozado espigón debió finalizar hacia finales de 1611, pues ya con fecha de 2 de julio de ese año recogemos la noticia del libramiento de 5.000 ducados a Milanés por parte del mayordomo del Concejo; gastos que fueron ampliados a otras obras de ornato y reestructuración de la Puerta que daba a dicho muelle. Estas nuevas obras, cuyo proyecto fue encargado al pintor Francisco Aguilar, comprendían una portada, que llevaría tres escudos, uno de España y dos de la ciudad, y algunas inscripciones, a las que posteriormente -14 de marzo de 1614- se añadiría una escultura romana de Neptuno que se conservaba en el patio de la Casa Consistorial y que se colocaría sobre un zócalo de piedra, sujeta mediante pernos de hierro. En enero de 1615 llegaron, procedentes de Génova, las piedras para labrar los escudos e inscripciones, acordándose en cabildo que se dorarían una vez realizada la obra de esculpido. A mediados de este año se acababa la obra. Durante varias décadas este renovado muelle debió mantenerse operativo y capaz para dar respuesta a las necesidades comerciales, militares y de pasaje de la ciudad y de otras muchas localidades castellanas que habitualmente utilizaban sus servicios.