En 1395 Enrique III concedió el señorío de Molina Seca al Adelantado Alfonso Yáñez Fajardo I. Se trataba del tercer señorío de los Fajardo, que se sumaba a los de Librilla y Alhama. La muerte del Adelantado le impidió tomar posesión de Molina, que pasó a su primogénito Juan Alfonso. Éste, el 23 de octubre de 1396, confirmaba al concejo y a los vecinos los derechos y libertades que los reyes castellanos habían otorgado a la villa.

No obstante, en 1413, Juan Alfonso vendió Molina por 4.000 florines a su hermano Alfonso Yáñez Fajardo II, quien había sucedido a su padre en el adelantamiento. Aunque la villa estaba poco poblada, su cercanía a la capital del reino murciano la convertían en un baluarte estratégico muy importante. En su castillo, hoy destruido, se refugió María de Quesada y su hijo, el primer Pedro Fajardo, entonces un niño, para resistir las ambiciones de su sobrino y primo Fajardo el Bravo.

La villa estaba poco poblada en 1635 apenas contaba 100 vecinos y muy gravada impositivamente, sobre todo sus vecinos moriscos, quedando su economía muy quebrantada tras la expulsión. En 1549 los vecinos habían denunciado estas cargas en un pleito que fue solventado en 1576 tras un acuerdo entre las partes.

En 1535 el emperador Carlos V concedió a Luis Fajardo, en vida de su padre el I marqués de Vélez Blanco, el título de marqués de Molina. Por ello, los primogénitos de la Casa de los Vélez ostentaban el marquesado de Molina.

El desarrollo industrial de la villa ha hecho desaparecer gran parte de los vestigios señoriales: molinos, horno, granero, mesón, posada. Se conserva en buen estado el escudo del X marqués: Antonio Álvarez de Toledo, marqués de Villafranca y los Vélez.