Vecina de Librilla en el camino entre Murcia y Lorca, la villa de Alhama fue el segundo dominio de los Fajardo.
En esta ocasión no fue una compra sino una donación real, la primera que recibió su linaje. Seis años después de Librilla, en 1387 Alfonso Yáñez Fajardo I recibió el señorío de Alhama de Juan I, que premiaba la lealtad del Adelantado a su causa. Tras su muerte, su primogénito Juan Alfonso recibió esta herencia que, a su vez, transmitió a su hijo Alonso.
No obstante, la villa acabará en manos de Alfonso Yáñez Fajardo II, hijo de la segunda esposa Yáñez Fajardo I, el cual además recibió el nombramiento de Adelantado Mayor de Murcia. Las dos ramas familiares de los Fajardo tomaron partidos diferentes en el enfrentamiento entre los infantes de Aragón y Juan II. La totalidad del patrimonio familiar acabó recayendo en el partido vencedor y, en este caso, en manos de Yáñez Fajardo II.
Desde la creación del primer mayorazgo por los Fajardo, Alhama fue incluida en él. A finales del siglo XVI la administración marquesal creó, con sede en esta villa, la Alcaldía Mayor de Alhama y Librilla. El marqués designaba en ella su propia administración e intervenía en el nombramiento del concejo, eligiendo entre las dos personas que, para cada cargo, el concejo saliente le presentaba.
En 1635 formaban el concejo de Alhama dos alcaldes y cuatro regidores. En esa fecha Alhama contaba 300 vecinos. El marqués cobraba en la villa las alcabalas y las tercias sin tener concesión real de las mismas, sino por costumbre inmemorial.
En 1548 los vecinos presentaron una demanda ante la Audiencia de Granada contra Luis Fajardo de la Cueva, II marqués de los Vélez, señalando dieciséis imposiciones y gravámenes aplicados indebidamente por la administración marquesal, lo que se sustanció en un acuerdo de transacción en 1592, cuando el pleito se encontraba en la sala de la Mil y Quinientas.
Entre los edificios notables del señorío que conserva la villa destacan, además del castillo, la casa tercia y la finca del Azaraque.
