En el Cañón de los Almadenes existen varias especies de aves rapaces entre las que destacan el águila perdicera (Hieraetus fasciatus), águila real (Aquila chrysaetos), aguilucho cenizo (Circus pygargus) y halcón peregrino (Falco peregrinus). La presión directa o indirecta que ejercen las actividades humanas sobre el medio ha provocado épocas de recesión en el número de parejas, llegando incluso a localizarse una sola de ellas en especies como el halcón peregrino. Se trata, por tanto, de una de las poblaciones más necesitadas de protección y conservación. En la Región de Murcia se han realizado varios estudios específicos sobre algunas especies, contribuyendo al conocimiento de las necesidades concretas para la supervivencia de estas aves, un ejemplo de ello es el Plan de Recuperación del Águila Perdicera.
Águila Perdicera
Se trata de un ave que acostumbra a utilizar los escarpes rocosos como punto de asentamiento y cría, pero que en los últimos tiempos se ha convertido en una de las más amenazadas, por lo que ha sido catalogada como vulnerable en la Península Ibérica y en peligro de extinción en la Región de Murcia. El descenso en las parejas de la Región ha causado que, de las cerca de 40 existentes en la década de los 70, se pase a la veintena durante los primeros años del siglo XXI, de las cuales una pareja se encuentra en el entorno del cañón.
Águila Real
Al contrario que el águila perdicera, el águila real ha experimentado un gran aumento poblacional, apareciendo en la Región de Murcia 60 parejas, de las cuales sólo una habita en la zona de Almadenes, en concreto se ubica en el Alto del Almorchón.
Aguilucho Cenizo
El aguilucho cenizo es una especie que está presente en las zonas de cultivo de los territorios situados al norte del Cañón de los Almadenes, su población en la Región de Murcia está cercana a las 40 parejas y anida preferentemente en humedales asociados a ramblas, lo que lleva a estos parajes a contener un buen número de ellas.
Halcón Peregrino
Una pareja de halcones habita el Alto del Almorchón, aunque en la Región existen entre 160 y 180 parejas, por lo que parece que se trata de una presencia estable en los cielos de Murcia. Pese a estas cifras está catalogada como especie vulnerable.