En 1582, por la estrechez e incomodidad de la ermita de la Magdalena, situada en las faldas de la montaña a unos 3 Km del núcleo urbano, decidieron trasladarse a la de San Roque, a las afueras de la población, permaneciendo allí mientras duraban las obras del nuevo convento, templo cuya construcción se prolongaría entre los años 1582 y 1612.

Los frailes fueron los que más trabajaron en las obras, marchando las obras al ritmo de las limosnas recibidas. Algunas familias, costearon sus propias capillas para ser enterrados en ellas.

A principios del siglo XVIII se reformó la primera crujía de la iglesia, realizándose la gran espadaña que remata la fachada, y posiblemente la sala de juntas existente sobre el coro. Conocemos por grabados de la época que la fachada original era de menor altura.

En 1725, la Venerable Orden Tercera, hoy Orden Franciscana Seglar, fundada en 1720, acordó pedir licencia para construir una capilla dedicada a la Virgen de las Angustias, anexa a la iglesia del Convento de San Francisco. A pesar que el permiso fue concedido inmediatamente, la construcción de la capilla se prolongó desde 1735 hasta 1746, bajo la dirección del arquitecto Joaquín Martínez.

En 1777, se otorgó permiso a D. Cristóbal Azorín Amaya, presbítero acaudalado, para poner sus armas en el retablo mayor y la prebenda de ser enterrado en la nave. Esto se le brindó como gratificación por haber costeado el dorado del retablo mayor, la imagen nueva de San Francisco, la de San Cristóbal y dorar el tabernáculo de dicho altar. También costeó el dorado del contrarretablo del camarín de la Virgen de las Angustias.

En 1836, los franciscanos son expulsados del convento de Yecla por sospechas de colaboración con el carlismo, razón por la que el convento permanecerá varios años deshabitado.

Entre los años 1858 y 1859, el arquitecto Jerónimo Ros Jiménez proyectó un edificio de nueva planta, aprovechando parte del anterior convento, para destinarlo a centro de enseñanza. Para la construcción de este nuevo colegio se demolió parte de las edificaciones que constituía el convento franciscano a excepción de la iglesia. En 1861, se dio posesión del nuevo edificio a los Padres Escolapios, que se hicieron cargo del nuevo Colegio de Escuelas Pías y de la iglesia.

En 1936 se incendia la iglesia, perdiéndose su obra escultórica. El presbiterio de la Capilla de la Virgen de las Angustias fue tabicado para preservar la imagen de la Virgen, permaneciendo así hasta el final de la guerra. Durante el conflicto, la iglesia fue utilizada como almacén para armamento y camiones; y se utilizó el camarín de San Pascual como cocina, usándose como combustible la madera de los retablos.

El progresivo abandono culminó en el año 1968, cuando se traslada la imagen de la Virgen de las Angustias desde su capilla a la basílica de la Purísima.

Sería en el año 1969 cuando el colegio de los Escolapios fue derribado por amenaza de ruina, construyéndose un nuevo instituto, completamente independiente de la iglesia y ya sin formar una unidad con ella. En 1972 se cierra definitivamente la iglesia, y en 1982 tanto el conjunto de la iglesia de San Francisco como la Capilla son declarados Bien de Interés Cultural con categoría de Monumento.

Personas Relacionadas con el Templo

Hemos creído necesario en este apartado hacer mención especial a la Orden Franciscana Seglar o Tercera Orden Franciscana, compuesta de personas, algunas de ellas ilustres figuras, que desde el siglo XVII han participado de una forma activa en labores de asistencia y formación, realizando servicios muy importantes en la ciudad de Yecla. La orden edificó como sede su capilla aneja al templo de San Francisco. La misma fue bellamente decorada y en 1763 encargan a Salzillo su imagen titular de las Angustias. Fue fundada por San Francisco de Asís como medio de santificación para los seglares que se sentían llamados a una mayor vivencia del evangelio en su vida. El santo de Asís y su influencia le dieron un gran impulso, resultando conocido su origen al menos  desde 1221. Ha ido unida a la predicación de los franciscanos allí donde ha estado. En Yecla existe la Orden desde el siglo XVII aunque no es fundada oficialmente hasta 1720.

Como hemos podido apreciar, Yecla está muy ligada a la Orden que fundó San Francisco de Asís (1182-1226), proclamado patrono del medio ambiente por su amor a lo creado. En el siglo XVII, la entonces villa de Yecla lo nombró su patrono el 11 de septiembre de 1605. La imagen de este santo está en casi todos nuestros templos, y en una hornacina en la Avenida de la Paz, número 22, de la ciudad de Yecla.