Los orígenes de Totana se remontan a la Prehistoria. La presencia humana en la zona se remonta al Paleolítico Medio, al que corresponde la industria lítica del Cejo del Pantano. Del Paleolítico Superior se han hallado restos líticos en el yacimiento, así como en Los Mortolitos, la Cueva de Hernández-Ros y la Cueva de la Tazona.
Eneolítico: el área de Totana cobra importancia
Será a partir del III milenio a.C., en el Eneolítico, cuando el área de Totana, junto a la comarca del Guadalentín y todo el Sureste peninsular cobre importancia. Destaca el poblado del Campico de Lébor, cerro amesetado situado en la margen derecha de la Rambla de Lébor, que lo rodea sirviéndole de defensa natural. Al Suroeste de esta elevación se halla el Cerro de los Blanquizares, lugar de enterramiento de los habitantes del cercano Lébor.
En la década de 1930, Juan Cuadrado Ruiz excavó una serie de tumbas en Los Blanquizares. Constató que el rito funerario era la inhumación colectiva, del mundo eneolítico. En estas tumbas se hallaron ajuares con todo tipo de materiales, destacando el hacha con enmangue de madera. Fue hallada por Juan Cuadrado y se conserva en el Museo Arqueológico de Almería. En la zona ocupada por Totana, la ocupación humana se atestigua desde inicios del III milenio a.C. hasta el 1900 a.C. De este período son los restos hallados en el Cabezo de Santa Lucía, lugar que hoy ocupa el Centro Sociocultural 'La Cárcel'. Los materiales obtenidos en este yacimiento fueron cerámicas eneolíticas lisas, un fragmento cerámico campaniforme, cerámica bruñida, piezas líticas y cobre. Todo ello se encuentra en el Museo Arqueológico de Murcia.
Edad del Bronce: la Bastida y el inicio del estudio de la cultura argárica
En el yacimiento arqueológico del Cerro de La Bastida se comenzó a estudiar la cultura argárica en España. Se trata de un cerro en forma de cono de 535 metros de altitud. Se halla encajado entre la Rambla de Lébor y el Barranco Salado (afluente de aquélla). La cronología del yacimiento arranca en torno al año 1675 a.C. (Argar Antiguo). Su auge se daría hacia el 1580 a.C. y la decadencia en torno al 1100 a.C. (Edad del Bronce Tardío). Solamente el lado Norte de la elevación es accesible y, quizá, estaba defendido por una muralla. Es posible que el cerro estuviese poblado a través de terrazas escalonadas. Se trata de un yacimiento excepcional para la evolución de la arqueología prehistórica en España. En primer lugar, por sus dimensiones: 40.000 metros cuadrados, de los que apenas se han estudiado 3.500 (una décima parte). Además, se calcula que La Bastida llegó a contar con 600 habitantes.
El inicio del estudio de la excavación corrió a cargo del ingeniero Rogelio de Inchaurrandieta, en 1869. A partir de los materiales encontrados se puede afirmar que el poblado se hallaba organizado en torno a la agricultura cerealística (trigo y cebada), aunque también se ha documentado la actividad textil y metalúrgica. La forma de enterramiento era la inhumación individual. Se hallaron dos tipos de tumba, en cista y en urna (más comunes). Las cistas estaban formadas por cuatro grandes lajas o losas de piedra. Las urnas eran tinajas cerámicas tapadas con una losa pétrea. En ambos casos el cadáver se introducía encogido sobre las rodillas. Le acompañaba un rico ajuar funerario: objetos domésticos (vasos con ofrendas alimenticias), suntuarios (anillos, colgantes de piedra, hueso, concha, bronce y plata) y en el caso de los varones, armas (puñales, espadas...).
Edad del Hierro. El mundo ibérico
El poblado de Las Cabezuelas, con ocupación humana desde la Edad del Bronce, adquirió su esplendor con los íberos (segunda mitad del primer milenio a.C.). Se trata de un pequeño cerro rodeado por la Rambla de La Santa y el Barranco Villar, muy cerca del núcleo urbano de Totana. Este altozano no se hallaba fortificado y sus habitantes se autoabastecían a partir de la actividad agropecuaria. También trabajaron en la alfarería, legando unas importantes piezas cerámicas (siglos VI-I a.C.): ánforas, 'kálathos', platos y vasijas. Los habitantes del poblado íbero de Las Cabezuelas comenzaron, en el tránsito del siglo II al I a.C. (decadencia del lugar), a descender a la zona próxima que, hoy en día, estaría ocupada por Totana. El mejor testimonio de ese desplazamiento poblacional son los materiales íbero-romanos de época tardorrepublicana e imperial.
