Concluido el período militar comenzó la carrera docente y retomó la labor investigadora. Se incorporó "virtualmente" a un colegio de enseñanza media de Cieza, donde prestó su título universitario para el funcionamiento del centro, de acuerdo con la normativa legal de la época. Muy pronto, sin embargo, fue captado para la Facultad de Letras de la Universidad. En la Facultad, que inicialmente fue sólo de Filosofía, añadiéndose Letras con posterioridad "se era profesor de todo" al comienzo de su carrera, de acuerdo con las necesidades. Muy pronto tuvo su primer contrato como "Profesor Auxiliar de Historia General".
Nuevamente en 1945 recibiría el premio de "Biografías de Murcianos Ilustres", por su obra: "Compilación de los Milagros de Santiago, de Diego Rodríguez de Almela", cuya edición corrió a cargo del Instituto "Jerónimo Zurita", del Consejo Superior de Investigaciones Científicas en 1946, organismo al que quedó vinculado como becario, desde dicho año hasta 1953. También en 1946 vería la luz, en la Universidad de Murcia, su Tesis Doctoral. Un año después, mediante oposición, obtuvo la plaza de Profesor Adjunto en la citada Universidad.
A finales de los años cuarenta, su prestigio como investigador había alcanzado un notorio reconocimiento tanto en el plano nacional (ya que fue designado Académico Correspondiente de la Real Academia de la Historia en 1949), como en el plano local, como lo demuestra el hecho de que ese mismo año le fuera encargada la "Lección de Apertura" de curso en la Real Sociedad Económica de Amigos del País, honor que recaía entonces en las más eminentes personalidades murcianas en el campo de las letras y de las ciencias. El tema elegido para el mencionado discurso fue "El General Palarea. Un médico murciano en la Guerra de la Independencia". Al año siguiente fue elegido Académico Numerario de la "Real Academia Alfonso X el Sabio", y en 1951, a pesar de su juventud, Director de la Real Sociedad Económica de Amigos del País.
La decisión familiar de vivir en Murcia, y la garantía que le proporcionaba su plaza como Director del Archivo Municipal, dilataron durante años su acceso a la cátedra universitaria. En 1969 se creó en la Universidad de Murcia una plaza de Profesor Agregado de Historia Medieval, plaza que obtuvo en noviembre de 1970 tras la correspondiente oposición. Posteriormente accedería a la Cátedra en el año 1975. En la Universidad , en 1961 fue nombrado Secretario de la Facultad de Filosofía y Letras, cargo que desempeñó hasta 1974 en que pasó a ocupar la Secretaría General de la Universidad. Un año después aceptó el cargo de Vicerrector de Investigación. Durante esta etapa, y partiendo prácticamente de cero, se creó la primera infraestructura de investigación en la Universidad de Murcia, potenciándose extraordinariamente la producción científica y remodelándose para su difusión el Servicio de Publicaciones, que inició una nueva y prestigiosa singladura.
Como Director del Departamento de Historia Medieval, desde su creación en los años iniciales de la década de los setenta pasados, hasta su jubilación, llevó a cabo una intensa labor docente e investigadora, que se refleja en la dirección de tesis de licenciatura y de doctorado sobre diversos aspectos del Reino de Murcia en la Edad Media y, también, de otros temas relacionados con los fondos documentales del Archivo Municipal.
En 1973 se creó, en el ámbito departamental la revista ¿Miscelánea Medieval Murciana¿ En 1969 la Real Academia de Nobles Artes y Bellas Ciencias de Córdoba le distinguió con el nombramiento como miembro correspondiente de la misma. Igualmente, en 1978 fue distinguido por el Instituto de Estudios Albacetenses y en 1984 por el Centro de Estudios Históricos de Granada. Otros reconocimientos le llegarían desde el Ayuntamiento de Cehegín que, en 1982 le concedió el Escudo de Oro de la localidad, y desde la Asociación de Doctores Arquitectos de la región de Murcia que, en 1983 le designaron Miembro de Honor.
Archivero Municipal.-
En 1953, en virtud de concurso oposición, fue nombrado Archivero Municipal del Ayuntamiento de Murcia. El Archivo, a partir de entonces, comenzó a alcanzar la justa fama que hoy tiene, y no sólo por la calidad de sus fondos documentales, que entonces pudieron ser conocidos, sino por la ordenación y catalogación de los mismos. También durante su periodo al frente del Archivo se continuó y se amplió su rica hemeroteca y se constituyó la más importante biblioteca de temas murcianos existente hasta entonces en toda la Región. En 1985, al cumplir la edad reglamentaria, se produjo su jubilación administrativa, coincidiendo así mismo con su jubilación como catedrático de la Universidad.
Director Del Museo Salzillo.-
En diciembre de 1949 fue nombrado para el cargo .El nuevo director, en íntima colaboración con el presidente de la Cofradía de Jesús Emilio Diez de Revenga, alma de la creación del Museo y otros directivos de la misma, recogió y puso en marcha el viejo proyecto de sus predecesores para ofrecer en las mejores condiciones de conservación y exposición, la obra escultórica de Francisco Salzillo. Para ello comenzó trayendo las piezas que componen el "Belén" desde las viejas instalaciones del Museo de Bellas Artes de la Trinidad, al nuevo centro, que fue totalmente remodelado añadiéndose un cuerpo arquitectónico y adoptándose un criterio museográfico uniforme en el que se conjugaron dos factores: el culto de la propia Iglesia de Jesús y las visitas al Museo. Durante los de cinco lustros de Torres Fontes al frente de la dirección del Museo no sólo se llevó a cabo la obra mencionada, sino que se dotó de personal administrativo y de servicios, se nombró arquitecto conservador a Pedro Antonio Sanmartín Moro y como conservador de imágenes al escultor José Sánchez Lozano. Así mismo se sentaron las bases para incorporar al Museo a la red de Museos de la Comunidad Autónoma de Murcia, bajo el mecenazgo de la Consejería de Cultura.
Dimitió como Director y Secretario de la Comisión Ejecutiva del patronato que regía el Centro, el día 20 de diciembre de 1992.
Miembro Y Director De La Real Academia Alfonso X El Sabio.-
Juan Torres Fontes entró a formar parte de la misma en 1956, siendo propuesto para ello por Luciano de la Calzada y Ángel Balbuena. Inicialmente se hizo cargo de las publicaciones durante la breve etapa de Antonio Pérez Gómez como Director de la Institución. El 26 de febrero de 1976 fue elegido Director en sustitución de aquel. Al principio de su mandato la elección era vitalicia, pero entre las reformas que introdujo durante su liderazgo figuró la reforma de los primitivos estatutos en los que se establece el mandato cuatrienal.
Con Torres Fontes al frente de la Academia se creó una importante infraestructura editorial con la potenciación de colecciones ya existentes, como es el caso de la prestigiosa revista ¿Murgetana¿, y la creación de otras nuevas, entre las que destacan la "Biblioteca Murciana de Bolsillo", en 1979, que revolucionó el panorama del libro provinciano, habiéndose convertido en la más importante biblioteca de la historia de Murcia sobre asuntos de la región.
Bajo su mandato además, la Casa Real Española distinguió a la Academia concediéndole el título de ¿Real¿, convirtiéndose a partir de entonces en "Real Academia Alfonso X el Sabio", y el Gobierno Regional le concedió la "Medalla de Oro" de la región en 1992, con motivo de las celebraciones del Cincuentenario de la misma.
Torres Fontes Y El Real Murcia.-
Una de las facetas poco conocidas, sin embargo, del viejo profesor, es su relación con el mundo del deporte, primero activamente y luego en la gestión del mismo. Durante más de ocho años formó parte de la junta directiva del Real Murcia que presidía el farmaceutico Enrique Ayuso, compartiendo responsabilidades con otros directivos. La buena gestión de dicha Junta Directiva y el entusiasmo de la plantilla, además del apoyo de los socios, constituyeron razones más que sobradas para que el equipo ascendiera a primera división. De aquella plantilla de lujo, que tantas tardes de triunfo dio a la afición murciana.
Sólo en una ocasión acompañó Torres Fontes al equipo en sus desplazamientos al resto de las ciudades donde había de jugar con motivo de la ¿liga¿, y fue a Madrid. En aquella ocasión ganaron los "blancos" a los "pimentoneros" por siete a uno, pero el gol del Murcia supo a gloria a la afición murciana.
Diputado Provincial.-
La disposición natural de Juan Torres Fontes a colaborar en todo lo relacionado con Murcia, sus tierras y sus gentes, fue motivo para otro capítulo de su vida, en este caso relacionado con la extinta Diputación Provincial.
Con la llegada a la Presidencia de la misma, en 1949, de Agustín Virgili Quintanilla, fue requerido por éste para incorporarse a aquella como Diputado de Cultura y Visitador del entonces denominado Manicomio Provincial.
Durante los diez años como "Visitador Provincial" se mejoraron muchas cosas (siempre en la medida de las posibilidades disponibles). Su presencia diaria y su dedicación permitieron, con los medios a su alcance, dignificar y ampliar espacios comunes, mejorar la alimentación, e incluso aportar digno entretenimiento a los enfermos cuyo diagnóstico lo permitía. En este sentido recuerda Torres Fontes el haber posibilitado el acceso asiduo al campo de fútbol de la Condomina de un grupo de pacientes, acompañados de los necesarios cuidadores, a partidos en que jugaba el Real Murcia.
Torres Fontes concluyó su actividad como Diputado Provincial en 1959, al expirar el mandato de diez años previsto, en el que compartió trabajo, ademas de hacerlo con el Presidente Virgili ya mencionado, con diputados como Jesús de la Peña, Francisco Espinosa de Rueda y Diego Aguilar-Amat entre otros.
Otros.-
En 2004, la Comunidad Autónoma le otorgó la Medalla de Oro de la Región. Asimismo, en 2011 el Ayuntamiento de Murcia lo nombró Hijo Predilecto de Murcia, además de ser Cronista Oficial de la Ciudad desde 1958.
Entre otras muchas distinciones académicas, destacan el Premio Nacional del VII Centenario de la Reconquista de Murcia o el Premio de Biografías de Murcianos ilustres de la Diputación Provincial
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El 16 de junio de 2013, Murcia se tiñe de luto para despedir a uno de los mejores académicos y más grandes conocedores de la historia de España y de la Región.
