La frontera entre cristianos y musulmanes desapareció en 1492, tras la conquista de Granada por los Reyes Católicos. El último reducto del reino nazarí había caido. El inicio del nuevo siglo supuso para Lorquí un aumento poblacional, llegando casi a los 250 habitantes al finalizar la centuria. Durante el siglo XVI Lorquí consiguió tener iglesia parroquial, aunque siguió dependiendo del Obispado de Cartagena. En el año 1567, el monarca Felipe II empleó las rentas de Lorquí, unos 240.000 maravedíes, en las obras de la Real Capilla de Aranjuez, lo que ocasionó un pequeño conflicto con la Orden.
La despoblación de la villa
Si el siglo XVI había sido de relativa bonanza para la villa de Lorquí, en el siglo XVII la situación será la contraria. La población de Lorquí era de origen musulmán y se dedicaba al cultivo de la fértil huerta ilorcitana, cultivando sobre todo arroz y moreras. Como en otras villas de la Vega Media, Lorquí contaba con su propia aljama gobernada por alfaquíes, en la que regían las costumbres musulmanas.
Con la expulsión de los moriscos decretada por Felipe III en 1609, la villa de Lorquí se vio casi despoblada hasta finales de siglo. La repoblación emprendida por la Orden de Santiago con castellanos y aragoneses no mostró el efecto deseado. A la expulsión de los moriscos se le unieron las epidemias y hambrunas de mediados de siglo, que afectaron de forma muy negativa en el incremento de la población.
La recuperación
Esta situación no mejoró hasta la centuria siguiente, en la que la población asciende hasta los 700 habitantes. Estaban dedicados al cultivo del trigo, maíz y moreras, además de hortalizas, frutales y olivos; constituyéndose en una población agrícola que producía para subsistir. Prueba de ello es la Noria del Rapao, que data del siglo XVIII y fue declarada Monumento Histórico Artístico Nacional. También tuvo lugar en este siglo la construcción de la iglesia de Santiago Apóstol, concretamente entre los años 1765 y 1799, de la mano de Pedro Gilabert.
