El conjunto (Iglesia y Convento) se desarrolla entre las calles de Nogalte, Cuesta de San Francisco, Príncipe Alfonso y Plaza del Negrito.
Las dependencias conventuales, y la iglesia de San Francisco aneja, fueron levantadas por la Orden Franciscana, en 1561.
A mediados del siglo XVII se edifica uno de los claustros, todo en piedra, siendo el otro pequeño claustro de mediados del siglo XVIII.
Según Segura Artero: 'Situado en la Puerta de Nogalte, inicialmente vendido a Manuel María Rodríguez, que lo iba a derribar, una Real Orden Anuló la venta y lo concedió para utilidad pública...'
Desamortizado el convento (no así la iglesia que se mantuvo dependiente de la parroquial de San Mateo) en 1838, se dedicó a Hospital de Beneficiencia, regentado por la Comunidad de Hermanas de la Caridad venida en 1859, que aparte de las tareas hospitalarias lo adecuaron para enseñanza de niñas huérfanas. Su interior, remodelado, sirve aún para fines educativos. En torno a unos de los claustros se dispone el Centro de Enseñanza Colegio San Francisco.
Hoy la Cofradía de Semana Santa, Hermandad de Labradores (Paso Azul) ha abandonado las instalaciones que tienen en parte del antiguo convento por encontrarse en muy mal estado. El convento también es sede de diferentes asociaciones. Parece ser que la Fundación Patronato San Juan de Dios tiene cedido el convento al colegio, paso azul y asociaciones.
En la actualidad no es posible la visita turística al convento por encontrarse parte de sus instalaciones en muy mal estado y la otra parte dedicada a colegio.
Titularidad: Fundación Patronato San Juan de Dios.
Grado de Protección: 1-BIC.
Estilo: Barroco.
Periodo: ss. XVI (Fundación)-XVII-XVIII.
