La historia de Ceutí se documenta a partir de finales del siglo XIII, cuando Alfonso X el Sabio entregaba la entonces alquería de Benahabiai de Ceptí a Don Gil García de Azagra, Partidor Mayor del rey, tras la sublevación mudéjar de 1264-1266. Finalmente, en 1274, el lugar pasó a manos de Jordán Despuig 'El Alemán', tras haberle sido confiscada al anterior propietario por su traslado a Murcia. En 1366 estaba gobernada, como sus poblaciones vecinas Alguazas, Cotillas,...etc., por una aljama dirigida por su alfaquí, de modo que la práctica totalidad de sus habitantes se regía por leyes, usos y costumbres musulmanas.
No sabemos si en Ceutí, al igual que ocurrió en otros lugares del Reino de Murcia, la mezquita fue transformada en iglesia de culto cristiano en un primer momento, cosa bastante frecuente.
Hecho reconocido en 1527 por el Cabildo Catedralicio, que aducía que al ser los vecinos recién conversos, no se dotó su iglesia. Ésta no tenía renta propia y por ello padecía necesidades en la obra de fábrica y en ornamentos. Fue entonces cuando se acordó conceder a tal fin las rentas producidas por los diezmos de la quinta (hacienda) del lugar, asignándose en 1523 diez ducados para los gastos de dicho templo.
El despoblamiento que causó la expulsión fue la causa de que el curato de Ceutí y el de Lorquí quedasen durante algunos años a cargo del mismo presbítero. La iglesia parroquial se encontraba en estado ruinoso, de modo que el Fiscal General del obispado hubo de iniciar un expediente para realizar las reparaciones más urgentes. Trazó los planos Melchor de Luzón, ingeniero, arquitecto, escultor y cosmógrafo, ejecutando las obras Carlos González por un montante de 281.860 maravedíes. Una vez concluidas, dos maestros por ambas partes, certificaron que la construcción estaba ajustada a proyecto.
No se han hallado datos sobre la iglesia durante el siglo XVIII, pero sabemos que a mediados del siglo XIX, su estado requería de nuevo una seria atención pues las pequeñas reparaciones eran continuas. Por ejemplo, en 1851 siendo el párroco José Aroca se realizaban obras para la reparación de tejados y encalado de muros, en 1867 se invierten otros 167 reales. Ya en 1876 de nuevo se hace una importante inversión en reparaciones que ascendería esta vez a 980 reales, quedando el pago registrado por el párroco del momento Julián Ortiz.
Para finales de este siglo el estado del templo era calamitoso, a lo que se añadía la escasez de espacio, por lo que el párroco, a la sazón Antonio Egea Noguera, decidió intentar su ampliación. Cuatro años más tarde el Ministerio de Gracia y Justicia aprobó el expediente.
En 1894 se renovó el interior; dos pilas de mármol, una puerta de hierro de subida al coro, los balcones de la torre y los confesionarios. También se restauraron varios cuadros: el de las Ánimas, San Nicolás, San Francisco y el de Nuestra Señora de la Leche.
Esta inversión duró unos sesenta años, además hacia 1954 la iglesia se había vuelto a quedar pequeña para sus feligreses y su estado volvía a requerir fuertes inversiones. Por ello las autoridades de Ceutí, con el apoyo de su párroco José Antonio Hernández Cano, decidieron construir un nuevo templo en el mismo lugar sobre las ruinas del anterior.
Se encargó el proyecto al arquitecto Avelino Cimadevila y fue aprobado por total unanimidad. La bendición y colocación de la primera piedra tuvo lugar el 21 de Abril de 1956, contando el acto con la presencia del obispo de la Diócesis don Ramón Sanahuja y Marcé. La nueva iglesia, de estilo clásico-romano, provista de amplio ábside, crucero y nave central se adapta mucho más que la anterior a las necesidades actuales.
A lo largo del último cuarto de siglo esta nueva iglesia ha tenido ya que ser reparada con mucha frecuencia. Así, en torno a 1974 se sustituyó el zócalo y se enlució la fachada principal. A finales de la década de los ochenta se arreglaron los laterales del edificio y se pintó exteriormente toda la fachada. En 1993, con Jesús Aguilar Mondéjar como cura párroco y con la ayuda tanto del ayuntamiento como de numerosas familias se realizaron reparaciones en el interior, quedando inaugurado el templo en marzo de 1995.
