Las raíces de Fuente Librilla se hunden en los albores de la Historia, ya que desde la Prehistoria ha estado poblada esta pedanía. Así lo atestiguan las evidencias arqueológicas halladas en sus alrededores y que se conservan en el Museo Arqueológico de Murcia, evidencias como puntas de flecha y punzones o agujas de hueso. El poblamiento antiguo está evidenciado por yacimientos tan vetustos como el Cabezo Párraga, antiguo poblado de época argárica, en el que se hallaron estructuras de las viviendas de estos primeros moradores. Este poblado tuvo una prolongada existencia, ya que en él se localizaron restos de cerámicas datadas en época ibérica, y que obedecen a una tradición autóctona que no excluye la presencia de cerámicas griegas de importación, en concreto cerámica ática de barniz negro, lo que indica la importancia de la zona en las rutas del comercio mediterráneo en la época de las colonizaciones griegas.
Ya en época romana, Fuente Librilla aparece poblada en forma de villas romanas, situadas cerca de los antiguos nacimientos de agua que dieron nombre a esta singular pedanía, villas como la situada en El Albardinar, que se localiza cerca del paraje de Los Ojos. Es un edificio del que aún se observan restos de sillares cuadrados típicamente romanos. Otro yacimiento importante es el situado cerca del paraje de Los Cortijos o los Ojos de la Fuente, antiguo lugar desde donde manaban las famosas fuentes. La villa debió aprovechar todos los recursos a su alcance y en su emplazamiento se localizaron restos de ánforas, abundante cerámica romana y restos de sillares romanos.
