Durante la Edad Media, la población de Santa Lucía se vio obligada a emigrar hacia otros barrios de Cartagena e incluso hacia poblaciones vecinas, debido al peligro que suponía su cercanía a la costa. Las calas y puertos de la zona eran puntos estratégicos, por los que las distintas culturas que habitaron Cartagena durante los siglos VI a XV (visigodos, musulmanes y cristianos) tenían su punto de entrada a la ciudad. Las escaramuzas y batallas de unos y otros hicieron que los habitantes de Santa Lucía tuvieran que alejarse de sus antiguas moradas. Fue tanto el peligro que hubo en el puerto que en 1291 la sede de la Diócesis de Cartagena fue traslada a Murcia.
Las Ermitas de San Julián y Santa Lucía
La Ermita de San Julián está situada en las cercanías de la playa de Santa Lucía y, mediante dos bulas de los Papas Bonifacio VIII y Clemente VII, se conoce su Historia desde el siglo XIV al XVI. Con el paso del tiempo, el templo, de la que se hacía cargo un ermitaño, pasó a ser casa y hospicio de los Padres Mercedarios Calzados. Como en algunos conventos mercedarios de la zona, esta Ermita se convirtió en alberque para los cautivos de Argel y Túnez que, por las enseñanzas de los frailes, habían cambiado su religión por la cristiana. En la primera década del siglo XVIII quedaría abandonada, ya que los mercedarios se trasladarían a su nuevo alojamiento en el centro de Cartagena.
A primeros del siglo XVI existía una Ermita en el barrio de Santa Lucía, con su fachada frente al mar. Era la sede de la cofradía de la Virgen del Rosario, formada por pescadores, y los hermanos debían organizar el Jueves Santo por la noche la procesión del Santo Entierro en la Semana Santa de Cartagena. Cuando desapareció esta Cofradía, los pescadores fundaron la de Nuestro Padre Jesús Nazareno, que en la actualidad procesiona la madrugada del Jueves al Viernes Santo por las calles de Cartagena, pero que sale desde la Pescadería de Santa Lucía y realiza un recorrido por el barrio de pescadores hasta llegar al Pinacho y volver por el paseo de las Delicias.
Sistema defensivo de Santa Lucía
Al finalizar la Guerra de Sucesión por el trono español en el siglo XVIII, tras la victoria de la casa de Borbón, la tranquilidad que reinaba en la zona hizo que numerosas personas realizaran peticiones para adquirir solares y terrenos en Santa Lucía. Comenzaron de esta manera a levantarse nuevos edificios y a crecer de nuevo la población en torno al puerto de pescadores. En 1744 se edificó la Ermita de Santiago, que se utilizaría en época de epidemias como lazareto (sanatorio militar donde se trataban enfermedades infecciosas), hospital y casa de convalecencia.
La construcción del Arsenal Militar de Cartagena en el siglo XVIII hizo que la necesidad de casas como hogar de obreros y marinos fuera mayor, lo que supuso para la zona un nuevo auge en la vivienda, y que en el último tercio de este siglo se realizara un primer plan urbanístico construyendo el Paseo de las Delicias y, a ambos lados de él, un Jardín Botánico y la Academia de Botánica (Ambos se cerraron en 1804 coincidiendo con la ruina de la nación, la escasez de personal y la epidemia de fiebre amarilla).
En el año 1762 se levantaría en Santa Lucía El Pinacho, un respiradero del agua que el manantial de San Juan traía hasta la fuente del Paseo de las Delicias. En la actualidad, aún se puede contemplar tan curioso elemento con una inscripción de su inauguración, en la que está presente el nombre del Rey Carlos III. A finales de siglo la Diputación contaba con cerca de 1.000 habitantes.
La Batería de Trincabotijas se construyó entre los años 1610 y 1640, sirviendo como defensa del Puerto de Escombreras. Posteriormente fue remodelada en el siglo XVIII y desartillada en 1942. Entre los años 1773 y 1778 se construyó, dentro del proyecto Cermeño, lo que en la actualidad se conoce como Castillo de los Moros. Se trata de una plaza fuerte en forma de hornabeque doble (tres baluartes unidos por un lienzo de muralla), que defendía el Hospital y la entrada a la ciudad por las Puertas de San José.
