Los alrededores de Pinilla cuentan con algunos yacimientos arqueológicos de distintas épocas, que han contribuido a comprender de manera más completa la realidad de Caravaca de la Cruz y el Noroeste murciano durante épocas tan distintas como el Neolítico y la colonización de la antigua Roma.
El yacimiento de Fuente Pinilla, perteneciente al poblado eneolítico del Villar de Pinilla, nos ofrece interesantes restos del período calcolítico, perteneciente a la Edad del Cobre. El valle alto del Quípar nos ofrece el yacimiento arqueológico de época romana del Cortijo del Villar, un interesante poblado rural romano. No existen documentos precisos que nos revelen el origen de la población pero, como otras localidades del entorno, debió generarse en la época moderna, aunque sus tierras fueran para el cultivo y el pasto del ganado.
Estudios arqueológicos
Los estudios arqueológicos en la cuenca del Argos y el Quípar han sido, a lo largo de los años, muy fructíferos. Estos trabajos han podido determinar la ocupación del territorio a lo largo de épocas y siglos, que han dejado huellas del patrimonio material de varias civilizaciones. En el caso de Pinilla son dos los yacimientos más destacados, de distintas épocas pero situados en el Villar de Pinilla. Debemos señalar que el cercano Estrecho de La Encarnación posee una riqueza arqueológica, que abarca desde los hallazgos paleontológicos de la Cueva Negra hasta las primeras trazadas de época romana de la Ermita de la Encarnación, pasando por los restos ibéricos de Los Villares y Villaricos.
En el paraje de Fuente de Pinilla queda ubicado el yacimiento, que habría situado en sus inmediaciones un hábitat de época eneolítica, uno de los momentos de la Edad del Cobre. Y en el Cortijo del Villar se habrían encontrado restos de un poblamiento rural romano, que vendría a dar continuidad a los estudios que sobre los poblamientos romanos se hacen en el valle Alto del Quípar. No poseemos documentación exacta sobre el origen de Pinilla, pero podemos imaginar cuál sería su evolución, atendiendo a la realidad del municipio y de poblaciones vecinas.
Edad Media y Moderna
El período medieval en Caravaca es uno de los mejor documentados en la Región de Murcia, ya que su cercanía a la frontera granadina y castellana haría de esta parte de la comarca del Noroeste un área protagonista de diversos episodios históricos muy importantes. Caravaca fue una de las ciudades de la Cora de Tudmir, la administración que los conquistadores musulmanes establecieron en nuestra región tras la invasión en el 713. Las referencias al municipio caravaqueño surgirían de una manera más acusada a partir del siglo XIII, tras la Reconquista cristiana de Murcia, con las noticias sobre aparición milagrosa de la cruz, que pasaría a ser emblema del municipio. A partir del siglo XIII Caravaca, y otros territorios como el moratallero, se verían envueltos en la continua pugna por reconquistar todo el territorio a los musulmanes y repoblarlo nuevamente con una nueva administración establecida por la Corona de Castilla.
El antiguo templo de la ermita de La Encarnación fue fundado en el siglo XVII, iniciando unas rogativas contra las plagas y la sequía en 1620. Por aquel entonces esta localidad era un pueblo de agricultores, que habían aprovechado las nuevas roturaciones de tierras del siglo XVI, que volverían a crecer en el siglo XVIII, quizá también época de esplendor de los caseríos de la localidad vecina de Navares.
