Pinilla se extiende sobre la cuenca del río Quípar, y queda a algo más de 700 metros sobre el nivel del mar. La cuenca del Quípar es de tipo subbético y el relieve de su sierra, con el pico de Las Cabras, de 1121 metros de altura, está considerado como uno de los relieves más interesantes de Murcia para el estudio de la época jurásica.

Fósiles

En la Sierra del Quípar se encuentran numerosos ejemplares fósiles de la época jurásica, jurásico inferior-medio y medio-superior. Ejemplares fósiles de amonites, crinoides, belemnites, bivalvos o braquiópodos han sido estudiados por especialistas en la zona gracias a las peculiaridades de la tectónica de la sierra que facilitan la lectura de estas estratigrafías de millones de años.

Orografía

Uno de los relieves más visitados por los vecinos es el Cerro de la Encarnación, lugar donde los vecinos de la pedanía de La Encarnación y otros pueblos como Pinilla acuden en días de fiesta a pasar un día de campo.

Pinilla se ubica geográficamente en una penillanura en la que el paisaje usual es el de grandes campos dedicados al cultivo de cereal, almendros, algún ejemplar de olivo y maíz.

Flora y fauna

Junto a las zonas de cultivo, y en puntos concretos, se pueden observar áreas de arbolado de tipo mediterráneo, como el las cercanías del antiguo lavadero o fuentes naturales, áreas donde se pueden observar especimenes de olmos o álamos. Por lo demás los árboles silvestres habituales son el pino carrasco, la encina y el ciprés.

En el paisaje se extiende con más profusión un bosque bajo de tipo mediterráneo, con coscoja, romero, encinas, esparto o espino negro.

La llanura es lugar de cría de especies de caza menor como la perdiz, el conejo o la liebre, hábitat también de predadores como la comadreja o la culebra de herradura. Pero, como es habitual, es el grupo de las aves el más numeroso con ejemplares de tórtolas, palomas, mochuelos, mirlos, carboneros cabecinegros, pajaritas de las nieves, abubillas, verderones etc.