La Historia de estas tierras se remonta a la época argárica, como atestiguan los yacimientos que se han documentado. El paso de la Via Augusta bordeando el cauce del río Corneros confirma la importancia de la zona en época romana, ya que en los márgenes de la Vía, además de un miliario, se han encontrado varias villae romanas.

  Aprovechando la fertilidad de las tierras circundantes, durante el reino nazarí los musulmanes crearon una alquería, a la que estaba asociada la Mezquita del Centeno. De este pasado fronterizo datan los restos del Castillo de Puentes. La alternancia entre períodos de sequía y grandes inundaciones trató de solventarse ya en el siglo XVII, mediante la construcción de la primera presa de Puentes que, aunque llegó a concluirse,  fue el origen de una serie de intentos de trasvase para traer agua al Guadalentín. Estos esfuerzos culminaron en el año 2000 con la construcción de la cuarta presa de Puentes.

  Hoy en día la mayor parte de los pobladores de la Diputación se concentran en el núcleo de La Parroquia de la Fuensanta, que ve aumentar sus contingentes demográficos a tenor de la proximidad a la capital lorquina y el carácter rural de la zona.