La llegada del cristianismo trae consigo el declive de los baños en toda la Península debido a que no tenían ya ningún uso ritual que los sustentase, además aquellos que se bañaban en “exceso” podían ser acusados de practicar la religión mahometana y, por lo tanto, perseguidos, más aún conforme avance la Edad Moderna.

Es importante la crónica de Jerónimo Münzer para estudiar los baños a finales de la Edad Media, éste era un viajero alemán que describió los baños: Alhama tiene unas termas de agua clara, que curan la hidropesía, el cólico y otras enfermedades…

Existen noticias de 1557 del uso de los baños aunque se cita que necesitan reparaciones. En el 1627 se construyó un hospicio de los franciscanos junto a la ermita de la Concepción para que los religiosos enfermos pudiesen hospedarse en él e ir a los baños. Por tanto, el uso de los baños aunque decayó no termina por desapercer de tal forma que las estructuras se mantienen hasta el año 1848, cuando se levanta sobre los antiguos restos el Gran Hotel-Balneario.

Éste fue un edificio de tres plantas sobre las antiguas salas de baño abovedadas, reutilizó todos los espacios anteriores en una planta sótano dónde se ubican las bañeras mientras que en las tres plantas superiores se dispusieron habitaciones, cocinas, salón social, y modernas instalaciones de duchas, baños de vapor, pulverizaciones, alberca general para la mayor comodidad de los usuarios de los baños. También se construyó una piscina destinada al baño público de los más pobres.

El balneario entrará en una fase de bonanza económica en el siglo XIX, que le va a durar hasta el año 1936, cuando estalle la Guerra Civil. Ya no se volvería a recuperar hasta su demolición final en el año 1972, cuando los escombros cubrieron más de dos mil años de Historia de la ciudad de Alhama.