Las distintas zonas dentro del espacio natural protegido se designan según el uso fundamental de las mismas, estableciendo la regulación de usos por medio de la definición de actividades compatibles e incompatibles.
Zona de reserva
La calificación como 'reserva' se aplica a áreas de interés relevante, entendidas éstas como lugares cuyas manifestaciones vegetales, faunísticas o geomorfológicas son únicas, raras, frágiles o amenazadas.
Dentro del ámbito de este Parque Regional se localizan tres áreas con dicha calificación:
Reserva ambiental
Las salinas y saladares son zonas de interés relevante, puesto que abarcan áreas con actividades primarias que han dado lugar a ecosistemas naturalizados, donde coexiste el aprovechamiento productivo con la conservación de altos valores ecológicos.
Reserva geomorfológica
Se define con esta calificación al sector costero formado por un conjunto de dunas fósiles, localizado inmediatamente al sur de las salinas de Calblanque.
El interés de esta zona viene definido por el indudable valor que representa para la comprensión de la evolución reciente de la costa.
Reserva ecológica
Corresponde a dos áreas distintas: Peña del Águila y Monte de las Cenizas, ambas excepcional valor natural.
Zona de conservación prioritaria
Las zonas de conservación prioritaria son áreas definidas por un alto valor natural, al que se suele unir un especial valor científico, cultural o paisajístico. Éstas son:
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Franja litoral desde Punta Parreño hasta Punta Negrete, abarcando toda la ladera hasta la zona cimera, excepto en la zona de Las Cenizas.
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Ladera baja de Peña del Águila próxima al núcleo de Portmán, justo en el límite occidental del Parque y entrando en contacto directo con la zona de reserva botánica.
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Vertiente oriental de la estribación sur del pico de Ponce.
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Conjunto de cabezos de la parte oriental del Parque, cabezos de la Fuente, Negro, de los Martínez y La Reona.
Zona de conservación compatible
Se define como aquel territorio en el que la conservación y mejora de sus valores naturales puede ser compatible con un cierto grado de uso extensivo o de aprovechamiento primario.
En este amplio espacio se mezclan, sin límites muy definidos, diferentes ecosistemas que aún conservan un alto valor natural, junto a otros más transformados por la acción antrópica.
Zona de uso intensivo
Dentro del ámbito de este Parque Regional se localizan tres áreas con esta calificación:
Paisajes agrarios
Corresponden a áreas de marcadas alteraciones de carácter antrópico. Las características naturales han sido fuertemente transformadas por una actividad agrícola tradicional.
Se localiza preferentemente sobre la cuenca sedimentaria del Mar Menor, en terrenos de topografía suave y con suelos aptos para el cultivo, principalmente pardo calizos.
Núcleos rurales
Son pequeñas poblaciones rurales enclavadas dentro del espacio protegido que se han visto sometidas a un progresivo despoblamiento hacia las áreas próximas de mayor dinamismo económico.
Zona de equipamientos turísticos, comerciales y recreativos
Incluye una pequeña zona situada en la ladera occidental del Monte de las Cenizas, en el entorno de las instalaciones militares que se insertan en dicha zona de conservación compatible. Su función es la de albergar equipamientos hoteleros y recreativos, estos últimos orientados al uso público del Parque.
Zona de uso público vial
Corresponden a los principales ejes de comunicación del Parque y tienen como finalidad básica la regulación del flujo de vehículos y visitantes.
Zonas de restauración
Áreas del Parque Regional degradadas por actividades extractivas o vertidos que requieren actuaciones importantes de regeneración para poder incorporarse a alguna de las categorías de zonificación anteriormente descritas. Se trata de tres pequeños sectores situados al norte del antiguo Espacio Natural Protegido de Calblanque.
Resto del ámbito del P.O.R.N.
Esta integrada por dos zonas, un corredor de conexión entre el área de Peña del Aguila y el Cabezo de El Sabinar, y la zona forestal situada al sur de la urbanización Atamaría.
La función de ambas zonas es la de articular el Parque con su entorno, estableciendo zonas de amortiguación y corredores físicos entre espacios protegidos.